Archivo por meses: abril 2013

Cambios de configuración no clúster ctcomp2

O clúster de computación ctcomp2 ven de incorporar 5 nodos computacionais, polo que ctcomp2 converteuse nun clúster heteroxéneo formado por 12 nodos:

  • 7 servidores HP Proliant BL685c G7 (4x AMD Opteron 6262HE, 64 cores, 128 GB RAM)
  • 5 servidores blade Dell PowerEdge M910 (2x Intel Xeon L7555, 32 cores, 64 GB RAM)

Selección do tipo de procesador

Os usuarios que querian utilizar específicamente un tipo de servidor, deberán indicalo explícitamente no comando qsub, dentro do campo nodes da opción -l. Por exemplo, se queremos executar un traballo (1 núcleo, 1 nodo, 1 hora) nun nodo Dell PowerEdge, a correspondente líña #PBS do scrip debería ser:

#PBS -l nodes=1:ppn=1:intel,walltime=1:00:00

Se polo contrario, queremos que se execute nun nodo HP Proliant, a líña debería ser:

#PBS -l nodes=1:ppn=1:amd,walltime=1:00:00

Aqueles usuarios ós que lles sea indeferente o hardware nos seus traballos non teñen que modificar nada: en función dos recursos dispoñibles no momento, o sistema de colas asignará un nodo calquera sen reparar no seu hardware.

Colas PBS

Esta ampliación incrementa sustancialmente o poder computacional do clúster, polo que se fixeron cambios nas colas PBS co gallo de que os usuarios fagan un uso máis eficaz destos recursos. Actualmente as colas PBS de ctcomp2 son:

    • batch. É a cola por defecto. Admite traballos de ata 168 horas, empregando como máximo 5 nodos computacionais por usuario.
    • short. Cola deseñada para traballos curtos (menos de 12 horas) e que non precisen máis dun nodo computacional. Para empregar esta cola é preciso indicalo coa opción -q do comando qsub:
qsub -q short traballo.sh
    • interactive. Cola interactiva para realizar probas de xeito interactivo. Solo permite un traballo por usuario, asignándolle un núcleo (un nodo) durante unha hora. Ademáis da opción -q, é preciso indicar explícitamente que desexamos unha sesión interactiva coa opción -I:
qsub -q interactive -I

Máis información na Guía de usuario del clúster ctcomp2.

Novo almacenamento compartido: Scratch

Os usuarios da Ubuntu CITIUS 12.04 teñen ó seu dispor un novo espazo para a compartición de arquivos.

Este espazo, chamado Scratch, está dispoñíble automaticamente en /home/scratch, e ten unha capacidade total de 1TB . A idea é que este cartafol sirva de ferramenta para a compartición temporal de datos entre os investigadores do CITIUS. De acordo con esta filosofía, o cartafol ten unha serie de características que é preciso salientar:

  • Os contidos do cartafol borraranse pasadas 24 horas da sua derradeira modificación.
  • Non se fará ningún tipo de copia de seguridade do contido do cartafol.
  • Non se concederán permisos privados de acceso. Todos os usuarios terán acceso total ós contidos do cartafol.

A información relativa a este novo almacenamento figura xa na wiki do centro e nun arquivo README dentro do mesmo cartafol.

Tamén se pode acceder ó scratch dende Windows e outros sistemas conectándose a través de SSH ou SMB/CIFS.

Agardamos que vos resulte de utilidade, e que nos trasladedes os vosos comentarios ou suxestións para facer este servizo máis útil.

Benvidos

É certo que moitos xa nos coñecedes, pero xa que todos os libros sobre a materia insisten no mesmo, presentaremonos igualmente, que tamén é de xente educada.

Somos a Unidade de Xestión de Infraestruturas TIC do CiTIUS, unha das unidades de apoio ós investigadores do centro. Temos un nome moi longo así que ninguén nos chama así, de todos xeitos. Non temos moi boa fama por prexuízos contra a nosa profesión, pero que saibades que a maior parte do tempo estamos montando e mantendo servizos útiles como este ou este outro.

Na unidade traballamos Fernando, Diego e máis eu, Jorge. Dende fai uns meses contamos co apoio de Manuel, que que está traballando en servizos para a web. Moitos investigadores tamén nos axudan a probar cousas e non os nombramos por se lles da vergonza, pero xa saben quenes son e fan un traballo que agradecemos moito.

A misión principal desta bitácora é achegar o noso traballo a todos os investigadores do centro. Cada venres publicaremos unha nova entrada, ás veces para anunciar novos servizos e outras para contarvos brevemente cómo o estamos facendo.

O nome da bitácora non é unha indirecta, só contén unha pequena broma. Non fai falta que reiniciedes nada antes de chamarnos, aínda que se o facedes seguramente aforraredes o trámite máis adiante.

Esperamos que sexa do voso interese, queremos animar a todo o mundo a suscribirse ou polo menos a visitala de cando en vez. Podedes usar os comentarios desta bitácora para achegarnos as vosas suxerencias e comentarios.